Dans le cadre du projet OpenStreetMap, j'ai eu la chance de disposer d'un des GPS de la branche belge d'OSM.
J'ai mis quelques temps à comprendre comment pouvoir extraire les marques du gps, j'écris donc un petit billet pour les éventuelles personnes dans le même cas 
Pour les traces normales, il est plus simple d'utiliser directement la carte SD et de convertir les .nmea en .gpx à l'aide Gpsbabel ou gpsvisualizer.
Mais dans les données de la carte SD, impossible de visualiser les points de passage (waypoint). Il vous faut alors utiliser le programme perl : navilink.
Téléchargez le fichier, puis faites un petit apt pour installer la bibliotheque libdevice-serialport-perl:
sudo aptitude install libdevice-serialport-perl
Ensuite, branchez et allumez le GPS et rendez-vous dans le menu NaviLink. Activez le protocole navilink. Vous devriez voir un message qui ressemble à "In Navilink Mode ...[POWER] to reset".
De retour sur votre ordinateur, faites un
sudo perl navilink.pl -v -o waypoints.gpx getwp
le -o spécifie le fichier de sortie et est suivi par la commande à exécuter (getwp pour récupérer les WayPoints)
Ensuite pressez le bouton [POWER] pour éteindre votre gps et jouez avec votre GPX des points